মুক্তমনা মানেই ধর্ম-বিরোধী নয়, বলা যায় অনেক মুক্তমনাই ধর্মের কঠোর সমালোচক । কারণ তারা মনে করেন ধর্ম জিনিসটা আদীম কালের পুরুনোনীতি ,কুসংস্কার বা রূপকথার গল্প যাহা মিথ্যার উপর প্রতিষ্ঠিত। মুক্তমনারা সর্বদা যৌক্তিক , প্রমাণিত ও বৈজ্ঞানিক দৃষ্টিভঙ্গির প্রতি আস্থাশীল, আজন্ম লালিত কুসংস্কারের উপর নয়। রূপকথার অদৃশ্য গল্প বা কুসংস্কারের কাছে আত্মসমর্পণ করা আসলে নিজের সাথে প্রতারণা করা ছাড়া আর কিছু নয়।
অনেক মুক্তমনাদের ধর্ম-বিরোধী হওয়ার একটা বড় কারণ হল, ধর্মগুলোর মধ্যে বিরাজমান নিষ্ঠুরতা ।
প্রায় প্রতিটি ধর্মগ্রন্থের বিভিন্ন আয়াত, অধ্যায়, শ্লোক ও বাক্যে বিধর্মীদের প্রতি এবং কিছু কিছু গ্রন্থে অন্যধর্মালম্বীদের প্রতিও ঘৃণা প্রকাশ করা হয়েছে , এমনকি কিছু ধর্মে বিধর্মীদের হত্যার নির্দেশও দেওয়া হয়েছে একপাক্ষিক ভাবে।
বাস্তৱ ইতিহাস ঘাটলে দেখা যায় – ধর্ম জঙ্গীবাদ , পারস্পরিক বিবাধ , জ্বিহাদ, দাসত্ব, জাতিভেদ, সাম্প্রদায়িকতা, অ-সহিষ্ণুতা, সংখ্যালঘু নির্যাতন, নারী নির্যাতন এবং সমঅধিকার হরণের মূল মাধ্যম হিসেবে প্রতিটি যুগেই ব্যবহৃত হচ্ছে । মুক্তমনাদের বৈশিষ্ট হলো এরা সবকিছু নিরপেক্ষ ভাবে মুক্তমনে যুক্তি প্রমানের বৃত্তিতে মানবিকভাবে চিন্তা করে , যাহা গোটা জাতির মঙ্গল সাধন করে, আর এটা ধর্মের ভিতরে থেকেও করা যাই। তাই মুক্তমনা মানেই ধর্ম বিরোধী নয়।